Một Ninja Và Một Sát Thủ Sống Chung kể về Satoko Kusagakure, một ninja nữ rời khỏi làng cùng đồng đội, thấy mình đang sống với Konoha, một nữ sinh trung học làm sát thủ trong thành phố. Satoko sở hữu khả năng biến đổi đồ vật bằng ninjutsu, điều này đã thu hút sự chú ý của Konoha. Họ đạt được một thỏa thuận: Konoha cung cấp cho Satoko một nơi để ở để đổi lấy sự giúp đỡ của Satoko trong việc dọn dẹp sau các nhiệm vụ ám sát của cô.Khi họ đối mặt với những sát thủ do làng của Satoko cử đến, thưởng thức những bữa ăn ngon bằng số tiền kiếm được từ các nhiệm vụ ám sát và vượt qua sự hỗn loạn của hoàn cảnh sống khác thường của họ, câu chuyện đã ghi lại cuộc sống ấm áp nhưng hỗn loạn của hai người bạn cùng phòng không giống ai này.