Bất Thường Tại Trường Học Phép Thuật 3 kể về trường Trung Học Pháp Thuật chào đón học sinh mới và tên của những học sinh xuất sắc với điểm số cao được gọi là Bloom và những học sinh thay thế Bloom là Weed. Anh em nhà Tatsuya và Miyuki Shiba được xếp hạng lần lượt là Weed và Bloom. Miyuki được danh hiệu Bloom vì điểm số ấn tượng của cô, trong khi Tatsuya được gọi là Weed vì điểm thực hành phép thuật kém cỏi của cậu. Tatsuya, người đàn ông trẻ tuổi có ý chí nhìn xa trông rộng và Miyuki, cô gái có tình cảm dành cho anh trai vượt xa cả tình anh em. Từ khi 2 người bước chân vào cánh cổng của ngôi trường tài năng này, sự yên bình vốn có của ngôi trường bắt đầu bị rơi vào hỗn loạn...